Az 1690-91. évi pestisjárvány idején Pécs város istenfélő polgársága ünnepélyes fogadalmat tett, hogy amennyiben a ragály elmúlik, úgy a város keleti részén magasodó fehér mészkősziklákon – melyet a köznyelv Kakasdombnak nevezett Havas Boldogasszony tiszteletére hálából kápolnát emelnek, magukat az ő oltalmába ajánlják, emlékezve a régi Rómában egykoron történt csodás
járványelűzésre.
A pécsi polgárok megtartva a veszedelem idején tett fogadalmukat, a Kakasdomb meredek lejtőjén, hátukon, vállukon cipelték fel az építőanyagot a fehér sziklákra, mintha azt a Szűzanya jelölte volna ki számukra hófehér ragyogásával. A parasztbarokk stílusú, fatoronnyal ellátott templom 1697-re készült el.
A templomnak 1711-ben külön gondnokot is rendelt Pécs városa, aki az előző évi tűzvész által okozott károkat kijavította 1713. évben 66 font súlyú harangot öntöttek. 1724-ben orgonát készítettek.
A templom az 1780. évi tűzvész alkalmával megrongálódott, ezt követően építették át a ma látható formájára. A fatorony helyett zömök kőtorony épült a nyugati oldalon, piros kupolával.
XVI. Gergely pápa 1844-ben búcsúkiváltságot adományozott a templomnak Szűz Mária ünnepeire. Belépve a kegytemplomba, a szentély barokk főoltárán látható olajfestmény a Havas Boldogasszonyt ábrázolja a karján ülő gyermek Jézussal, aki kapcsos könyvet, a Szentírást tartja kezében. Az oltárkép a római Santa Maria Maggiore bazilika oltárképének hiteles másolata, melyet elkészülte után hozzáérintettek az eredeti kegyképhez. Ezt tanúsítja a festmény jobb alsó sarkában, lévő bíborszínű pecsét is. A kegykép 2013-ban restaurálásra került.
Az oltár jobb és bal oldalán Szent Rókus pestis ellen védő szent, és compostellai Szent Jakab, a zarándokok védőszentjének XVIII. századi festett faszobra áll. Fölöttük egy-egy üvegezett falitárlóban azok az ezüstözött fogadalmi tárgyak láthatók, melyeket az imameghallgatások utáni gyógyulások örömére helyeztek el itt hálás elődeink.
A főoltáron négy angyalfejekkel díszített bronz gyertyatartó áll, melyek a bécsi Damminger műhelyében készültek, és a pécsi Székesegyház 1891. évi átépítése során kerültek ide.
A jobb oldali mellékoltáron Szent Flórián látható tűzoltás közben, míg a bal oldali mellékoltáron Szent Sebestyén mártíromságát ábrázoló festett faszobor áll.
A kegytemplom újabbkori ékessége a bal oldali mellékoltárnál lévő falfülkében álló fatimai Szent Szűz ébenfa-szobra, amelyet Cserháti József pécsi megyéspüspök hozott 1985. évben a portugáliai kegyhelyen végzett zarándoklatáról. Mária díszes koronája a svájci Bázelből való, melyet az 1993. évi búcsún Mayer Mihály püspök ünnepélyesen helyezett a szoborra.
A 2014. évben a templom fából készült ambóval (felolvasóállvánnyal) és új papi székkel gazdagodott. A kórus mellvédjén egy éneklő angyal rózsaszínű kerámia domborműve látható, amely a szent zenét, a musica sacrát jelképezi.
A templom tornyában két harang lakik. A kisebbik harang átmérője 35,5 cm, öntésének éve a chronosticon szerint 1738. Ez a magyarországi legrégibb harangok egyike, és az első pécsi harang öntőmester, Michael Weingarten egyetlen megmaradt harangja. Páratlan kulturális örökségi értéke miatt 2004.február 26. óta védelem alatt áll.
A nagyobbik harangot 1954-ben Szlezák Ferenc rákospalotai műhelyében öntötték, átmérője 47 cm. Oldalán a felirat: „Szent Ágoston harangjával és tanításával imádkozva zengjük: Mária causae nostrae salutis ora por nobis”, vagyis: Mária, üdvösségünk oka, könyörögj érettünk!
A kegytemplom külső, délre néző falán szürke márványtábla hirdeti az alapítás 250. évfordulóját, melyet 1947-ben helyeztek el itt. Tőle néhány lépésre, délre, kis keretben áll Bartalits Mihály szobrászművész 1878-ban készített piétás kőkeresztje. A templomtól északra, a csupasz mészkőszirten látható Kiss György 1900-ban felállított, horgonyból készült remekműve, amely a kereszten függő Krisztust ábrázolja.